Amorgos s'étend sur 121 km2 et compte 112 km de côtes. Elle fait 33 km de long sur une moyenne de 2 à 6 km de large. 

Sur toute sa longueur, l'île est traversée par une chaîne de montagnes qui descend abruptement dans la mer le long de la côte sud-est. Le mont Krikellos, situé à l'est d'Aighiali, culmine à 821 m.

Le chef-lieu, appelé Chora ou Amorgos, est situé à 320 m d'altitude. L'île est plus ou moins divisée en trois pôles regroupant plusieurs villages :

- Aegiali au nord (Lakgada, Tholaria, Potamos, Oroms. Aegialis) ;

- Katapola et Chora au centre ;

- Kato meria (« le pays d'en bas ») au sud.

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Jusqu'à 1990, l'île était dépourvue de route. Les trois pôles étaient reliés par un réseau très dense de sentiers parcourus notamment par les muletiers qui transportaient principalement les productions agricoles de l'île, depuis les champs et les terrasses, jusqu'aux villages, aux moulins et aux ports.

Aujourd'hui, même si l'on y croise encore fréquemment des mules et leurs muletiers, les sentiers sont devenus le royaume des randonneurs. Une semaine à Amorgos ne suffit pas à parcourir les principaux sentiers balisés. Quant à ceux qui ne le sont pas, ils sont innombrables, épousant un relief souvent escarpé, traversant des oliveraies riantes ou des paysages désertiques.